Das Moskauer A. S. Puschkin-Museum entstand als eine Abteilung des Staatlichen Literaturmuseums, wurde aber relativ bald unabhängig: Während der sehr kurzen Zeit — in dreieinhalb Jahren — stellte das Museum seine erste Exposition zusammen, die am 6. Juni 1961 eröffnet wurde.
Seit dem Tag der Eröffnung bekam das Museum zahlreiche Geschenke, die Bezug zu Puschkin hatten, — Porträts, Bücher, Manuskripte, Gravuren, Porzellan, Möbel und Anderes. Es erhielt aber auch bereits zusammengetragene private Sammlungen wie z. B. die Bibliothek der russischen Poesie, die von I. N. Rosanow erstellt wurde, die Kunstgewerbe- und Büchersammlung von P. W. Gubar und die Gravuren-Sammlung von J. G. Sack.
Eine der Hauptrichtlinien, in denen sich das Museum in den 1970er – 1980er Jahren entwickelte, wurde die Musealisierung der Puschkin-Orte: Im Jahr 1986 wurde die Filiale des Puschkin-Museums, A. S. Puschkin-Wohnung am Arbat eröffnet. Dem Museumsteam war die Exposition in der Glinischewski-Gasse 6 zu verdanken. In diesem Haus, das zur Zeit Puschkins das Hotel Nord war, trafen sich im Jahr 1826 Puschkin und Mickiewicz. Außerdem errichteten die Museumsmitarbeiter Expositionen im Haus der Familie Wulf im Dorf Bernowo in der Oblast Twer, wo Puschkin mehrmals seine Freunde besuchte, und im Landgut der Fürsten Wjasemski im Dorf Ostafjewo im Rajon Podolsk der Moskauer Oblast, wo sich Puschkin, Karamsin, Schukowski und Gogol trafen. Das Landgut in Ostafjewo, das zunächst als die Abteilung des Puschkin-Museums Anfang der 1990er Jahre entstand, wurde nun zum unabhängigen Museum von föderaler Bedeutung erklärt.
Zu gleicher Zeit entstand eine neue Abteilung des Museums, die auf dem ersten Blick keinen direkten Bezug zu der Puschkin-Thematik hatte, — die Andrei Bely-Wohnung am Arbat 55. Eine wichtige Rolle in der Entstehung der neuen Abteilung spielten zwei Faktoren: Die Nähe zum Puschkin-Museum am Arbat und seine Sammlung aus dem XX. Jahrhundert. Am Beispiel der Meisterwerke eines der prägenden Dichter im Silbernen Zeitalter der russischen Poesie setzte das Museum die Puschkin-Traditionen fort.
Zu seinem Jubiläum wurde dem Puschkin-Museum das Gebäude № 36 in der Staraja Basmannaja-Straße in der Deutschen Siedlung übergeben, wo der Dichter seine Kindheit verbracht hatte. In diesem Haus lebte der Onkel von Puschkin, Wassilij Lwowitsch, der berühmte Dichter zu Beginn des XIX. Jahrhunderts, der oft von seinem Neffen besucht wurde.
Eine bedeutende Rolle in der Geschichte des Museums nahmen die Vorbereitungen und die Feier des 200-jährigen Jubiläums von A. S. Puschkin ein. In August 1995 besuchte der Moskauer Bürgermeister J. M. Luschkow das Museum, das zu dieser Zeit wegen ernsthafter Schäden geschlossen war: Die gesamten Versorgungseinrichtungen waren im völlig verwahrlosten und heruntergekommenen Zustand. Er ordnete die Durchführung der Grundsanierung aller Gebäude und den Bau eines Lagerraums an, die noch im gleichen Jahr vollendet werden sollte.
Darum wurde von einer Gruppe von Architekturen ein Projekt für den Wiederaufbau und die Restaurierung des Gutshauses entworfen, und im Jahr 1996 begann das Unternehmen Mospromstroj umfangsreiche Restaurierungs- und Bauarbeiten. In kürzester Zeit und pünktlich zum Jubiläum wurden das Hauptgebäude des Gutshauses und der Flügel aus dem XVIII. Jahrhundert von Grund auf restauriert, alle Versorgungseinrichtungen wurden erneuert, und das Kellergeschoss wurde aufgebaut, wo nun ein Erholungsräume einschließlich Garderobe, Kantine, Souvenir — und Bücherläden errichtet wurden. Das Dach wurde über dem Hof gedeckt, so dass alle Gebäude einen Komplex bildeten. Dies ermöglicht nun die Durchführung verschiedenster Veranstaltungen im Hof, unabhängig vom Wetter und der Jahreszeit. Am 1. Dezember 1997 eröffnete das Museum wieder seine Pforten für Besucher. Dieser Tag, der als Tag der zweiten Geburt des Museums gilt, war das letzte Ereignis des Festes zum 850. Jubiläum Moskaus und das erste Ereignis vor der Feier zum A. S. Puschkin-Jubiläum.
Außer den Expositionen wurden für die Besucher die Ausstellungs-, Konzert- und Konferenzsäle, die Bibliothek und der Leseraum sowie die Kinderspielzimmer errichtet.
Heute setzt das Museum nicht nur die Traditionen fort, die vor vierzig Jahren begründet wurden, sondern schafft auch regelmäßig neue Projekte in den wissenschaftlichen und kulturellen Bereichen.
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